Byonic je název softwarového balíčku pro identifikaci peptidů a proteinů tandemovou hmotnostní spektrometrií. Tento software, který se teprve nedávno stal komerčně dostupným, usnadňuje mnohem širší škálu možností vyhledávání než předchozí vyhledávací software, jako je SEQUEST a Mascot. Byonic umožňuje uživateli definovat v podstatě neomezený počet typů variabilních modifikací. Byonic také umožňuje uživateli nastavit samostatný limit počtu výskytů každého typu modifikace, takže vyhledávání může zvážit pouze jednu nebo dvě náhodné modifikace, jako jsou oxidace a deamidace na peptid, přesto umožňují tři nebo čtyři biologické modifikace, jako jsou fosforylace,které mají tendenci se shlukovat. Proto Byonic může vyhledávat desítky nebo dokonce stovky typů modifikací současně bez neúměrně velké kombinatorické exploze. Vyhledávání zástupných znaků Byonic umožňuje uživateli vyhledávat neočekávané nebo dokonce neznámé úpravy vedle známých úprav. Konečně, vyhledávání glykopeptidů Byonic umožňuje uživateli identifikovat glykopeptidy bez předchozí znalosti glykanových hmot nebo glykosylačních míst. Curre. Protokol. Bioinformace. 40:13.20.1‐13.20.14. © 2012 podle John Wiley & Sons, Inc.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.